1949年10月1日，中华人民共和国宣告成立。国家设立了燃料工业部，负责管理煤炭、石油和电力工业。下设煤矿管理总局，直接管理华北地区的国营煤矿企业和华东地区的部分国营煤矿企业。东北人民政府下设煤矿管理局，管理东北地区的国营煤矿企业。华东、中南、西南、西北军政委员会工业部下设煤矿管理局，管理所属地区的国营煤矿企业。各省(市、自治区)及其以下各级人民政府的工业部门，管理各级地方煤矿企业。1950年6月，煤矿管理总局设地质勘探室，负责全国煤田地质调查和煤田钻探等地质勘探事项。
第一个五年计划初期，国家撤销了各大行政区的建制。燃料工业部在华北、东北、华东、中南、西南和西北6个地区设置了煤矿管理局，直接由燃料工业部煤矿管理总局领导，负责管理所在地区的国营煤矿企业。与此同时，煤矿管理局在原地质勘探室的基础上设立了地质勘测处，各大区煤矿管理局相继设立了地质处。1953年6月，煤矿管理总局为加强对全国煤田地质勘探工作的统一领导，在地质勘测处的基础上，又筹建了煤矿管理总局地质勘探局。
1954年，华北煤矿管理局撤销，河北地区的国营煤矿企业由煤矿管理总局直接管理，山西新成立太原煤矿管理局，负责管理省内的国营煤矿企业。根据煤田地质勘探事业发展的需要，同年春天，各大区煤矿管理局先后建立了煤田地质勘探分局。同年4～9月，根据形势的发展，又先后在勘探分局的基础上建立了华北、华东、中南、西南、西北5个大区煤田地质勘探局和东北煤田第一地质勘探局及东北煤田第二地质勘探局。
1955年7月，第一届全国人民代表大会第二次会议决定撤销燃料工业部，分别成立石油工业部、电力工业部和煤炭工业部。煤矿管理总局随之撤销。东北、华东、中南、西南、西北5个大区煤矿管理局分别改名为沈阳、济南、武汉、重庆、西安煤矿管理局，其管辖的煤矿企业不变；太原煤矿管理局仍保持原来建制，共同由煤炭工业部直接领导。为了加强对各专业部门的领导，煤炭工业部成立后，分别建立了地质勘探总局、设计总局和基建总局。并明确各大区已建立的煤田地质勘探局是煤炭工业部地质勘探总局派出该地的直属管理机构。
1958年，在中央关于管理体制下放的指示下，各大区煤矿管理局撤销，产煤多或较多的15个省(自治区)相继建立了煤炭工业管理局，其余省(自治区)分别由工业厅或重工业厅管理所在地区的煤矿企业。这15个省(自治区)煤炭工业管理局属于煤炭工业部领导的有：河北、山西、辽宁、四川、云南、宁夏6个局，随着企业下放，其余的全改为省(自治区)人民政府的职能机构，负责管理本省(自治区)的国营和地方煤矿。与此同时，煤炭工业部决定撤销地质勘探总局，改设地质勘探司，管理全国煤田地质工作。各大区地质勘探局及其所属企事业单位，一律交由各省(市、自治区)煤矿管理机构领导。60年代调整时期，随着企业的上收，黑龙江、吉林、山东、安徽、河南、湖南、内蒙古等省(自治区)的煤炭工业管理局又改由煤炭工业部领导，成为煤炭工业部的派出机构。
十年动乱期间，煤炭工业管理体制受到严重破坏。1967年8月，煤炭工业部和部属企业进驻军代表，实行军事管制。煤炭工业部机关成立了文革筹备小组，下设生产、基建、计划、办事4个组，负责领导整个煤炭工业的“抓革命、促生产”工作。
1970年1月，国家撤销了煤炭工业部，将煤炭、石油、化工3个部合并成燃料化学工业部。部内设煤炭生产组、煤炭基建开发组，负责管理煤炭的生产和建设(包括地质勘探)，其余司局合并到综合业务组，分管原来3个部的有关业务。在这期间，除个别单位外，煤炭企事业单位已全部下放。大多数省(自治区)相继建立了燃料化学工业局或工业局，作为省(自治区)革命委员会的职能机构，负责管理煤炭等国营工业企业。
1973年5月，燃料化学工业部宣布成立煤田地质局。1975年1月，国家决定撤销燃料化学工业部，重新成立煤炭工业部，并将以前下放给地方管理的煤炭企事业单位陆续收归煤炭工业部领导。煤田地质局随之更名为煤炭工业部地质局，各省(自治区)煤田地质勘探公司相应逐步建立起来。为了扭转十年动乱给工业管理造成的混乱局面，从1977年开始，我国对工业管理体制进行了局部调整。在调整过程中，一些关系国民经济全局的大型骨干煤炭企业陆续收回中央管理，实行以煤炭工业部为主的双重领导体制。到1985年，由煤炭工业部直属的派出管理机构有：东北内蒙古煤炭工业联合公司、重庆煤炭工业公司和河北、山西、河南、陕西、山东、贵州、四川煤炭工业管理局，它们代表煤炭工业部管理所在地区的煤炭企事业。其他省(自治区)的煤炭工业管理部门则是同级人民政府的职能机构，管理本省(自治区)的煤炭企事业，同煤炭工业部是业务领导关系。
1988年4月，根据国务院机构改革方案，成立了由煤炭、石油、核工业部的全部和水利电力部的部分政府职能组成的能源部，再次撤销了煤炭工业部。组建中国统配煤矿总公司，负责管理统配煤矿和原煤炭工业部所属企事业单位(不含东北内蒙古煤炭工业联合公司所属部分)，实行计划单列，由能源部归口管理。总公司下设中国煤田地质局，负责管理关内各省(市、自治区)的煤田地质勘探单位。保留东北内蒙古煤炭工业联合公司，负责管理东北三省和内蒙古东部三盟(哲里木盟、兴安盟、呼伦贝尔盟)一市(赤峰市)的煤炭企事业单位，归口能源部领导。该公司下设煤田地质局，管理所在地区的煤田地质勘探单位。原煤炭工业部下设的中国地方煤矿联合经营开发公司转归能源部归口管理，并协助能源部对全国地方煤矿实行行业管理。至此，煤炭工业形成了多头的管理体制，失去了统一规划、统一开发、统一管理的职能。
1993年3月，第八届全国人民代表大会第一次会议决定撤销能源部和中国统配煤矿总公司，再次组建煤炭工业部。东北内蒙古煤炭工业联合公司和中国地方煤矿联合经营开发公司转归煤炭工业部实行归口管理。中国煤田地质局更名为中国煤田地质总局，对全国煤田地质勘探单位进行统一管理。1994年3月，煤炭工业部决定撤销东北内蒙古煤炭工业联合公司，分别成立辽宁、吉林、黑龙江、内蒙古煤炭工业管理局，同该省(自治区)的煤炭工业厅(局)为一套机构两块牌子，实行以煤炭工业部为主的双重领导，统一管理各自境内的煤炭企事业单位。此后，一些有统配煤矿的省(自治区)陆续照此成立了双重领导的省级煤炭工业管理机构；没有统配煤矿的组建起了以省政府领导为主的煤炭工业厅。
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