对于煤层气开采争议最大的煤层气采矿权，一直是晋煤集团心中的痛。晋煤集团副总工程师何辉在接受CBN采访时直接表示：目前晋煤集团还没有煤层气的矿权，“原来具备煤炭的采矿权就能开采煤层气”。
2007年4月17日，国土资源部下发了《关于加强煤炭和煤层气资源综合勘查开采管理的通知》(国土资发[2007] 96号)(下称“96号文”)。96号文规定，已依法取得煤炭采矿许可证的采矿权人，在本矿区范围内以地面抽采方式开采煤层气的，应依法补办煤层气采矿许可证；进行井下煤层气回收利用的，不再另行办理煤层气采矿许可证，但应切实采取措施，不断提高煤层气回收利用水平。
根据1998年国务院下发了《矿产资源勘查区块登记管理办法》，规定中国矿权设置实行“申请在先”和“探矿排他性原则”。同时，国家对瓦斯资源开发实行一级管理，国土资源部直接负责瓦斯矿权登记和发证，而煤炭矿权则按矿井规模分别由省、部两级国土部门登记发证。这样煤矿企业建设新井获取资源，首先必须由获得煤层气矿权企业的同意。
对于这个规定，煤炭企业很恼火。山西省煤炭工业厅厅长王守祯曾呼吁：国家尽快解决煤炭、煤层气开采两权分置的矛盾，实行采矿权和采气权开发主体一致。
根据煤炭企业的说法，煤层气企业只懂采气，不懂采煤，他们按照他们的规划采气,会破坏煤层，给煤矿企业采矿造成不必要的困难。
而煤层气企业也觉得冤枉，自己通过国家登记合法取得了矿权，煤炭企业在自己矿区内非法开采，却无能为力，也不断请求“国家保护”。
何辉表示，晋煤集团正在积极申请，国土资源部7月底前应该会批准晋煤集团300平方公里的煤层气采矿权。
6月12日，国土资源部地勘司专门召集了中石油、中联煤和晋煤集团的负责人开会听取意见。“这证明国家对于目前出现的问题已经非常重视了。”何辉表示。
